早在公元2世纪时萨莱诺就作为罗马的一个殖民地建立起来，6—11世纪落入伦巴第人的统治之下，在经历短暂的诺曼人占领后于1130年正式成为那不勒斯和西西里王国的一部分。优越的地理位置促进了萨莱诺与地中海东部各国的商业来往，使其作为意大利地区的一个贸易中心和农业生产地而日渐繁荣。关于萨莱诺医学院的建立尚无定论，中世纪伊始的历史记载中，萨莱诺还未有杰出的行医人物或重要的医学发展，但民间医学在社会最不景气的时候仍如蜗牛般缓慢前行。关于其名称的记载最早见诸萨莱诺作家埃尔凡努斯的作品中，他认为7世纪一直致力于慈善救助的本笃会僧人出资建立了萨莱诺医学院。但随着《萨莱诺年鉴》的发掘，德·伦齐提出“萨莱诺医学院由一位犹太人、一位希腊人、一位拉丁人和一位阿拉伯人共同建立”。虽然这一说法值得商榷，但不可否认萨莱诺医学院的出现是多元文化在此地交流的结晶。
早期的医学知识主要来源于修道院医学，其中以本尼迪克特建立的蒙特卡西诺修道院最有声誉，而萨莱诺医学院与蒙特卡西诺修道院仅相距80英里，修道院保存的医学书籍以及积累的医学知识为萨莱诺医学院所用，为其后续发展奠定了坚实的基础。不过，萨莱诺医学院并不受教会控制，也没有按照教会学校的体制进行教学活动，而是有自己严格的教学规定——3年的大学医学课程和不少于4年的实习；各阶级、各种宗教信仰的人都可以参与医学学术交流，教师和学生中兼有教徒和非教徒，还有不少女教师、女学生。这一时期的萨莱诺医学院使用的教科书虽仍以希腊、拉丁文医学书籍中的摘要、残篇为主，但已经摒除了占星术治疗法而重在药物治疗。一言以蔽之，此时的萨莱诺医学院已经具有非宗教性质，是一所独立于教会外的世俗类学校。
中世纪早期的欧洲似乎已经将希波克拉底、盖伦的医学思想遗忘，在东方，二人的医学书籍被翻译成阿拉伯语，融合到阿拉伯医学之中，而在西方却被束之高阁，藏之秘府。直至11世纪的蒙特卡西诺修道院内掀起的医学文献翻译运动才打破这一局面，也拉开了萨莱诺医学繁荣的重要序幕。一部分作家开始编译拉丁语或希腊语的医学著作，主要涉及对人们饮食、发烧、尿液和药理等的研究，以及如何将医学手册中的标准理论运用到教学和实践中。还有一部分译者翻译阿拉伯医学书籍，因为阿拉伯医学不仅继承了希波克拉底的医学传统，而且通过与希腊、波斯、拜占庭、中亚各民族和中国唐代的科学文化交流，赋予医学以浓厚的东方色彩。
康斯坦丁诺斯对翻译卷帙浩繁的医学文献贡献突出。他事实上是迦太基人，一直醉心于医学，曾在印度、埃及、埃塞尔比亚等地游学，然而在学有所成返回迦太基时却为小人构陷而被逐出该国。他翻译的医学作品为萨莱诺公爵罗伯特·圭斯卡尔所看中，被邀请作为公爵的医生，此后就职于萨莱诺医学院，后又在主教感化下皈依基督教，成为蒙特卡西诺修道院的修士，并在修道院内专心著书。在修道院的20年间，他潜心翻译阿拉伯和希腊的医学作品，大多是关于配药学、尿诊术、发烧、饮食和忧郁症等问题的，从而促进了萨莱诺乃至意大利医学的发展。
医学翻译运动使新的医学文本得以诞生并推广，这是古代欧洲医学的一次重生和一个新的起点。到了12世纪，萨莱诺俨然成为地中海地区一个传播医学思想和医学产品的中心，萨莱诺医学院的发展也进入黄金期，“医学的繁荣几乎可以说在那里没有不可治疗的疾病”，甚至不少贵族也慕名来此求医，当然也有不少萨莱诺的医生前往宫廷，担任宫廷御医。
由于萨莱诺医学院保存着中世纪欧洲最重要的有关女性医学的专业文献资料，自然就成为女性医学的大本营。这所学校不仅招收女性学生，而且还聘用女性医生做教师，并且开设了妇科病专业。此举开创了女性接受系统医学教育的先河。其实女性接受医学教育的传统从古希腊罗马时期就存在，当时盖伦处方中就不乏引用女医生的处方单。但女性有机会接触专业医学培训确是自此时得到发扬。当然，这也是因为医学院深受本笃会影响，本笃会向来重视女性的地位，最初教士的职位就不局限于男性，女性也可以担任教士一职。
最有名的女医生、女教授莫过于11世纪的特罗特拉。一般认为特罗特拉生于贵族家庭，是普拉蒂利阿斯一世的妻子。他们可谓是医学世家，其子普拉蒂利阿斯二世、其孙普拉蒂利阿斯三世皆是萨莱诺医学院的教授。由她所著的《特罗特拉》可谓奠定了中世纪晚期女性生理学和病理学观念的基础。该书是有关女性疾病与健康、美容的纲要，主要包括“妇女的状况”“女性疾病的治疗”“女性的美容”三部分。“妇女的状况”对女性月经和生育问题分析详尽，其中不乏关于妇女妊娠期疾病的经验之谈，例如：“选择乳母法则，认为距离其最近一次分娩不宜太久也不宜太近，给乳母规定特殊的饮食，禁止太咸的食品或過多的辣椒，并禁止葱蒜。”“女性疾病的治疗”则是对妇科病中常用治疗办法的记录，广为采用的治疗法有放血治疗、拔火罐治疗、气味治疗、烟熏治疗、沐浴治疗法；最常用的药物是药草，包括艾草、车前草、迷迭香、鼠尾草、马郁兰、薄荷及莳萝等，都是治疗妇女疾病的良药，具有强烈活血作用的独活草的根茎和当归可以达到补血的效果，芍药皮和延胡索都有补血的作用。最为有趣的是“女性的美容”，几乎对女性身体每个部位的护理和美容需求都有相应的处方，比如针对美白牙齿、加固腐蚀或腐烂的牙龈、去除恶臭口气的问题，要“准备一些肉桂、丁香、甘松、乳香、谷粒、苦艾、蟹足、枣核和橄榄，将这些材料磨碎为粉末，然后涂抹到患处”。总体来看，《特罗特拉》中对许多植物、香料的性能已经有了十分清晰的描述和归纳，像处方中常出现的玫瑰、蜂蜜等至今仍是女性化妆品中不可缺少的成分。
萨莱诺医学院的外科也十分著名，尤其是解剖学，但由于中世纪教会反对解剖人体，学校解剖课都以动物尸体作为教学范本。12世纪的外科常用教科书是《班贝格外科学》，根据许多医生的笔记、备忘录、处方、摘录汇集而成，其中不仅有理论问题，还有诊断、实践处方、手术技巧等。
萨莱诺医学院的医学思想成果常以诗歌的形成在欧洲各地传颂，这部名为《萨莱诺卫生管理》的医学诗歌最初写于12世纪初期，融合了一代又一代的萨莱诺医学思想。全诗共有3500行，分为两个部分，第一部分主要是对卫生、饮食的规定；第二部分则是介绍不同疾病所需的药物。看看从中摘录的文字：“清晨宜早起，不分冬与夏；净面用冷水，凉些何须怕，醒脑复明目，卫生实无价。梳鬓刷牙齿，一日不可差。放血身勿暖，出浴应加衲。饭后忌呆坐，散步助消化。”培养早睡早起、饭后散步、每天刷牙的生活习惯与现代社会人们普遍认知的生活方式已无二致。
此外，受到希波克拉底誓言的影响，萨莱诺医学院还重视医生职业道德的培养，规定医生在为病人检查时要以一种亲和的态度关心病人的精神状况，跟病人聊聊家常等。医生们还需格外注意病人的心理状况对病情的影响，他们建议病人在见医生前要忏悔，接受教会的圣餐，对待疾病保持积极乐观的态度。学校所有的师生都要以《萨莱诺卫生管理》这部医学诗歌所述为标准，将其内容熟记于心并作为行医准则。正是这种以诗歌形式传播医学规范，更便于宣传、记忆，使得萨莱诺医学院在整个欧洲都名声大噪。
13世纪的萨莱诺医学院进入了衰退期，此后再也没有真正恢复到当初的兴盛。论其肇因，与建立那不勒斯大学的西西里国王腓特烈二世不无关系。谈及腓特烈二世与萨莱诺的恩怨可追溯到其父辈时代。其父亨利六世凭借西西里王国合法继承人的身份于1191年进攻意大利南部地区，萨莱诺随即宣布投降，然而当亨利六世返回伦巴第后，萨莱诺就背叛了他并将王后康斯坦丝交给了对手西西里国王坦克雷德，这无疑引起了亨利六世的怒火。1194年亨利六世在巴勒莫加冕为西西里国王，正式征服南意大利后，就极力打击萨莱诺。腓特烈二世自然是继续贯彻父亲的政策，从教育上剥夺萨莱诺的优势地位。萨莱诺医学院可谓是受到背叛之連累，从此时已现衰退之兆。
以腓特烈二世为代表的王室的干涉导致萨莱诺医学院面临许多困难。腓特烈二世要求所有未来的医学学生在为期5年的医学学习之前先学习3年的逻辑学，学医的5年之中有1年需作为一个有经验的医生的实习生。另外还要求萨莱诺的外科医生要精通解剖学。学生完成学业之后，会从教师那里得到证明书，然后举行一个由王室规定的考试，如果考试通过，就授予该生一个行医或教学的许可证；而如若没有腓特烈二世或萨莱诺大学教师的批准，则不可以采用教师头衔并教授外科、内科医学。尽管王室或教会的支持是必要的，但也由于王室的过度干预，医学院无法实现对医学教学与实践的自主控制以及建立独立的标准，甚至还出现了买卖文凭的现象，损害了医学院的声誉，其权威性随即遭到人们的质疑。虽然萨莱诺医学院在挣扎中又生存了多年，但与新型大学一经比较便黯然失色，最终难掩衰颓之势，于1811年由拿破仑正式将其关闭。
萨莱诺的衰退在于其既先天不足，又后天失调。作为一个全新的社会机构，萨莱诺大学草创时期一直在低水平徘徊，其影响力十分有限。直到1231年，该校才得到执政者的认可。之后，由于管理水平低下，教育思想因循守旧，没有建立起有效的保护智力活动和促进发展的机制。同时，它自身的政治困境也致使其成为各种派别之间权力斗争的牺牲品。
尽管当初学术繁荣的萨莱诺医学院不复存在，它也不被认可为真正意义上的大学，但作为最早的医学院，它在医学史、教育史上的地位和影响不容小觑。首先，它复兴了盖伦时期的解剖学，动物实体解剖课改变了以往纸上谈兵的模式。其次，它存留下大量医学教材，促进了医学思想的宣传和普及，为文艺复兴时期医学的复兴奠定了学科及人才基础，也成为现代医学大学的制度模式。此外，它还建立了系统化、体制化、正规化的医学教育系统。无论是教会还是世俗统治者都重视医学教育，制定了严格的法律法规，而医学院内部也有自己的医学规定，有严格的考核、从业制度。尤其是医学院的繁荣时期，正处于欧洲医学知识和文献极大丰富的时代，包括自然科学和哲学在内的知识领域均得到极大拓展。
