影片开头就给大家展示了一个光怪陆离的世界，四十五亿年前，这个星球上，只有一片汪洋大海，和一群古老的大鱼。在与人类世界平行的空间里，生活着一个规规矩矩、遵守秩序的族群，他们为神工作，掌管世界万物运行规律，也掌管人类的灵魂。他们的天空与人类世界的大海相连。他们既不是神，也不是人，他们是“其他人”。人类的风雨雷电，花开花落，四季轮回由他们操控，人类死亡后灵魂也会归入这个世界，变成一条条鱼。
在这个世界里有一个叫椿的小姑娘，黑发、红衣、黑裙。说话声音细细的，又乖巧，又温和。作为生家族的继承人，掌管着海棠花的生长。她有一个叫湫的同伴，白发、红衣。这小子大胆、调皮、率真，他的力量是可以打开去往人类世界的通道。故事从他们族人的成人礼说起，这里的每个人在十六岁时，都要到人类世界去感知自己掌管的自然法则，人间七日巡游 成人礼就在椿和小伙伴们居住的院子里举行，村子里的大部分人都住在这个有点像土楼又有点像古罗马斗兽场和火影中村子的建筑里。这一天椿在妈妈几乎要落泪的叮咛中出发了，巫师的法力打开了去往人类世界的通道，在妈妈，爸爸和爷爷的注视下，椿饮下魔液走进了空中。转眼，她变成了一条红色的海豚，还是那么美丽温和。
这时，椿的妈妈轻声喊到“等等，你回来”海豚赶紧游回妈妈身边。看到这一幕，不禁笑了起来，眼睛却忍不住想出汗。在孩子成长中最纠结的是母亲吧，要放手，怕受伤害；
想留住，怕养废了。妈妈再次嘱咐椿千万不要与人类有接触，千万要在七天内回来。湫在屋顶大声喊，快点回来 终于看到了人类景色，并没有大人说的那么可怕，反面很美。椿看到了小船上打渔的兄妹，他们高兴的跟红色的小海豚打招呼。人类没那么可怕。椿在水中自由的嬉戏，满是好奇的观察兄妹俩，偷听哥哥的陨声。哥哥也对妹妹说这只红色的小海豚真是聪明可爱。
故事在一个风雨夜转折，椿被渔网缠住了。她发出啾啾的叫声，似悲鸣，似求救。岸边的哥哥听到了叫声。带着短刀来救椿，在翻滚的波浪中，哥哥用短刀割断了缠着椿的渔网，如果你以为接下来，会是椿变成人类然后和哥哥相识相爱，幸福快乐的过完一生，那你就太小看编剧了。
一切，才刚刚开始。
哥哥没有力量在回到岸边了，他被拖进了漩涡。沉在了海底，椿不断碰触着哥哥的身体，想让他站起来，活过来。但她最终只能是留着眼泪，看着岸边哭泣的妹妹，不能说一句话。
椿如约回到了家里，妈妈高兴的又要掉眼泪了，但她的心沉甸甸的让她难以入睡，奶奶掌管百鸟，死后变成一只凤凰陪着爷爷。人类死了，会去哪里，椿去问爷爷，爷爷梳理着长发，（是几只小鸟在帮忙整理，飞来飞去就盘好了，真是长发姑娘最爱的桥断呀）告诉椿人死了身体回归大地，灵魂回到一个地方变成小鱼。椿找到掌管这里的灵婆，用灵魂和一半的寿命做交换，用陨声找到了哥哥变成的小鱼。并想把他养大，送回人类世界，让他重新活过来。尽管，只要鲲离开这里，就会不记得她。尽管，只要鲲离开这里，她就会灰飞烟灭。
椿开始了违背戒律，逆天而行，在海底世界秘密饲养人类少年的灵魂一条拇指大的小鱼的历程。和每一个首次饲养宠物的孩子一样，椿一下子变的欢快起来，平时那略显严肃端庄的小脸上也挂上了笑容，说实话，做为生家族的传人，随手一拨植物生长，开满鲜花的场景，真让人心旷神怡鲲和小姑娘在雨中飞舞，光亮闪烁的丝带，轻盈曼妙的身姿，可爱机灵的小鱼，真希望这幕不要停。
湫发现了这个秘密，并没有告发，也加入了守护小鱼的队伍。东躲西藏中，小鱼一天天长大，他有了一个好听的名字，鲲，同时六月飞霜，四秀反常的异像，终引起人们的注意。族人们要椿扔掉不属于这个世界的鲲，椿却因为哥哥是为救她而死，执意要救鲲。混战中，在湫的帮助下，椿和长大的哥哥逃了出来。但天神的惩罚也出现了，海水倒灌，人们失去家园，兄妹失散，亲人分离的场景再次出现。这一切同样是因为椿的坚持。湫在悬崖上大喊“你知不知道，你领受的是一个近乎天神的爱呀，你受不受得起” 椿死去的爷爷变成了一颗海棠树，他燃烧着灵魂的力量，想要守护椿和自己的族人，大家拼着全部的法力，让那些弱小的族人转移到山顶。看着这一切，交待鲲努力往上游，回到家人身边之后，这个小姑娘选择沉入水底，沉入爷爷的根里，同样燃烧了灵魂的力量，让海棠树长成参天大树，把洪水中的族人带到山顶，让这个濒临崩塌的世界恢复正常。她的爱一直都是这样，坚定、执着、深沉。
鲲没有离开这里，他咬下海棠树的枝丫去找灵婆，让灵婆用椿的灵魂，复活了椿，但此时的椿失去了法力，不能呆在这个世界里了。湫 陪着椿一起去送鲲离开，尽管椿一直管湫叫讨厌鬼，可她也知道这个像哥哥一样的人，是这世上最爱她的人。分别时鲲一次次从海底跃起，用身体去碰小姑娘的手，脸，眼泪，不想离去。他也爱着这个小姑娘。最终鲲消失在了海浪尽头。
和椿一样，湫选择了为爱献祭，他用自己的生命与灵婆交换，换来送椿到人世间的机会，少年身上仿佛燃起了熊熊大火，他紧皱着眉，握着椿的手让她相信自己，自己会带她离开这里和鲲一起回人类世界生活。让她相信自己，他们会在相见，他会陪在他们身边。像他说过的那句话“我不怕饿，不怕冷，不怕挨打，但我害怕看到你受苦。”他用最后的力量，包裹好椿这朵海棠花，冲向远方。少年的爱，真挚、热烈真的像火。湫在我的泪水中，化作了人间的风雨，等待着与椿的相遇，好陪在他们身边。
故事的最后，鲲回到人类世界，变回了人类，在海滩上慢慢爬了起来。谢天谢地，这时看到了椿的身影，对，不是鱼，是那个可爱小姑娘。要知道这时我的心都提到了嗓子眼，太害怕椿又变成那条鱼了。还好还好，他们重新遇见。
要经过多少次的轮回，我们才能遇见，那么不妨勇敢一点，去爱一个人，去做一件事。