深化科技体制改革，加快建立中国特色国家创新体系，是增强自主创新能力、建设创新型国家的体制和机制保障。
改革开放以来，我国的科学技术事业围绕促进科技与经济相结合，以加强科技创新和促进科技成果转化为重点，取得了重要进展。我国的科技人员已达3000万人，成为世界上最为庞大的科技队伍；我国的科技投入达5790亿元，并逐年增长；我国国有科研院所和大专院校的实验装备和条件有了显著改善；我国科技成果总量达6.1万件，科技论文总数为15万篇；我国的专利申请量截止2006年底，已达333.4万件，其中民间申请量超过50％等等。但是，我国科学技术发展的速度仍明显滞后，与经济的快速发展很不适应，特别是现行科技体制存在严重弊端，应引起各界重视。
一、现行科技体制存在的问题
1、以官为本的现行科技体制
建国之初，为了发展经济，我国建立了官办的科技体制，有效地促进了科技进步和经济发展。文化大革命前夕，我国在一些高技术领域与世界先进水平接近。这说明在当时条件下实行官办的科技体制是符合国情的。
20世纪70年代后，我国和世界都发生了很大变化。为了应对激烈的国际竞争和经济全球化，我国实行改革开放，发展社会主义市场经济和多种所有制，进行了一系列经济、科技、教育、卫生等方面的改革，极大地解放了生产力，逐步形成由国家(官办)、民间(民办)两种格局共存的状态。由于企业和教育主管部门的重视，民营企业和民办教育得到了快速发展。唯独我国的科技管理，仍然坚守以官为本的体制，忽视了民间创新力量在推动科技进步和经济发展中的重要作用，把民间科技事业排除在科技体制之外。目前，我国90％以上的科技资源均为国有科研院校所使用，民间科技事业因为缺乏政策的引导和扶持，面临着重重阻力和困难。
以官为本的科技体制的另一个问题是，由于科技机构都是官办的，受权力影响很大。家长式的管理，学术上的一言堂，以及学术的权力化和商品化，从而导致特权和垄断，也促使部分科技人员重官道而轻学问，使科技事业的创新生机受到严重影响。
2、现行科技体制尚带有很强的封建性
目前，我国科技事业存在诸多问题的一个根本原因就是现行科技体制尚具有很强的封建性。我们虽然拥有世界上最为庞大的科技队伍，却拿不出与之相称的科技成果。体制的封建性不仅窒息了科技人员的创新能力和活力，阻碍了科学技术的进步，而且成了产生腐败的根源。
所谓封建性，就是按等级分配资源，地位决定一切。院士以“最高科学技术水平称号”的名义高居科技体制金字塔的顶端，其下则是博导、教授以及各种不同等级的职称，还有科研系统中的各级行政官员。中国科技资源的分配，主要是按照这个等级体系分配，那些最有创新精神和能力的青年科研人员及民间研究者，由于处于这座金字塔的底部，甚至被排除在这座金字塔之外，无法获得从事科研活动所必须的资源与条件。
封建性必然导致剥削和腐败。已有媒体披露，个别院士和博导堕落成了“科研包工头”，他们凭借自己的院士、博导身份，垄断了评审权，巧取豪夺了大部分重要的科研项目及其经费，但他们又没有能力和时间去进行研究，便把项目分解发包出去，给那些有真才实学但籍籍无名的科研人员去做，自己坐享收益和荣誉，而非共识课题研究者以及被排除在体制之外的民间研究则得不到经费支持。
3、科技决策机制缺乏透明度和有效监督
当前体制中最大的问题之一是，行政人员的权力远大于专家的权力，决策过程缺乏透明度和有效监督。虽然在决策前也通常经过所谓“同行评议”，但还是少数人说了算，民主程序流于形式。一些不负责任的科技管理者和一些学阀形成利益共同体，在设立项目、选择评审专家、影响评审讨论等方面进行专权，进而操纵或影响决策的过程。更由于集中兵力打歼灭战的思想指导，常常把巨款投入当前虽然是热点但将来发展并不明确的少量课题上，一些重要而又有一定基础的课题却往往得不到充分的支持。这种科技决策机制，带来了一系列严峻的问题，是科技界腐败、浮躁、低效和错误的重要根源。
4、用计划经济的模式管理科学研究
科学研究有其自身规律，有一些重大科学发现和原创性发明是不可预见和计划的。我们却用计划经济的模式和思维方式管理科学研究。于是，科研人员为了生计和职称，只好急功近利，选择难度较小或外国人已经研究过的项目进行研究，这绝对无益于创新。
在这种模式管理下，一些真正具有原创性价值的、超越现有理论的项目很少有人愿意承担，即使有人想申报，也很难得到某些权威们的认可和主管部门的批准。这就是为什么我国拥有世界上最为庞大的科技队伍，却拿不出重大原创性科技成果的另一症结所在。
5、科技经费管理缺乏有力监控
在经费管理方面，对项目经费评估、执行和经费使用监管不力，经费分配过程和结果不透明，经费监管体制不健全、制度不完善。
管理不善的科研经费，就像一个打开的潘多拉盒子，许多“罪恶”可能由此散播。一方面，培养了一批专门依靠申请课题致富的专业户，助长了腐败在科技界的泛滥，助长了拉关系等“潜规则”的盛行。另一方面，更糟糕的是，受到“利诱”的科研活动导致科研泡沫化。甚至有些人从网上查找文献，拼凑所谓的“科研论文”，再花高价“版面费”在学术刊物上发表，算作交差。我国的论文发表量已位居世界前三名，但引用率及创新率却非常低，足以说明“泡沫”之严重。
6、科技评价活动泛滥，导向不当
目前我国科技评价存在的问题主要表现为：科技评价方法简单，指标设计不合理；对评价缺乏基本的定位，重数量轻质量；分类不明确，不能客观、真实、准确地反映不同评价对象的实际情况；专家评议制和信誉制度不够完善，在一些评价活动中存在重人情拉关系、本位主义等现象，影响了评价工作的客观性与公正性；对于“非共识”的创新项目、特别是民间研究者的创新项目不遴选不评议；科技评价活动泛滥，重形式走过场，科技评价质量低下，评价结论拔高等。由于评价导向不当，迫使科技人员急功近利，甚至弄虚作假，其后果是造成成果泡沫化、垃圾化。
7、科技激励机制有失偏颇
我国现在的科技奖励过多过滥。奖励一多，就使一部分同志模糊了对科学的认识，以为只要获了奖就能成为科学家。加之评奖制度的不完善和人为的干扰因素太多，破坏了奖励的权威性、严肃性和公平性。在激励机制上存在的另一个缺陷是“雪中送炭”太少。其实，科技人员特别是民间研究者最需要的是在研究的艰苦时期，能够得到物质上的帮助和精神上的鼓励，而不是成功后的“锦上添花”。
8、对科技活动中的不端行为缺乏法律约束
多年来，科技活动中的不端行为(特别是道德问题)引起了科技界和公众的普遍关注，人们对科技活动中诸如编造、篡改数据资料，抄袭、剽窃他人成果等严重的不端行为深恶痛绝。
科技活动中的不端行为具有很大的危害性。首先，它会消解科学家之间的相互信任，导致科学共同体的功能失调；其次，它会丑化科学在公众中的形象，削弱公众对科学的信赖和支持；第三，生物医学和工程技术等领域内的不端行为，可能造成直接的社会危害。因此，对这些不端行为应当制定强有力的法律机制，给予严厉打击，以遏制这股不正之风盛行。
9、科学技术缺乏一个统领全局的协调管理机构
我国现在的科学技术工作分为几大块：国家科技部、中国科学院和中国工程院、中国科协、国防科工委、中国社会科学院。它们分别属于不同的部门领导。而高校的科研又由教育部管理。由于在科学技术管理上没有一个统领全局的协调管理机构，其结果只能是多驾马车，各行其道。凡涉及到多学科、多领域以及综合性的重大科学技术决策，就很难全面快速做出比较统一的、科学的决策。例如对科技活动中的不端行为，科技部、科学院和科协各有自己的章法，各行其是，但是为什么不能制订一个全国统一的法律规章呢?相信那样的监管、打击力度会比目前强大得多。
二、改革现行科技体制的建议
1、建立“政府主导、官民结合”的科学技术创新体制
民间科技创新力量是科技进步、经济发展和社会文明的发动机，是我国社会主义科技事业的重要组成部分。据有关资料显示，我国65％的专利申请是民间研究者提出的，我国85％的新产品、65％的发明专利是由民营中小企业(主要是科技型企业)创造的。在全国53个高新技术开发区中，民营科技企业占80％。上海民营科技企业只占用全市30％的科技资源，却创造出了70％的科技成果。民间科技创新活动不仅能为国家提供自主创新成果，而且能提升社会创新素质，培育创新人才，夯实国家创新基础。因此，把民间科技创新力量整合进来，建立“政府主导、官民结合”的科技创新体制，有利于推动全民创新活动的开展，有利于构建和谐社会，有利于促进我国科技事业的快速发展。
所谓“政府主导、官民结合”的科技创新体制，就是在深化科技体制改革、建立科技创新体系的过程中，在充分发挥政府的主导作用、市场在科技资源配置中的基础性作用、国有科研院校的骨干作用的同时，通过发展民间科技事业，整合民间创新力量，把民间科技创新力量纳入国家创新体系建设和科技管理范畴。要制定出鼓励、支持和引导民间科技事业发展的一整套方针政策和措施，建立一种官(官办)民(民办)结合、优势互补、和谐共进的发展科技事业的新格局，进一步形成科技创新的新机制。
2、建立高效、透明、竞争的科学技术管理机制
总体来说，科技体制改革应当从传统人治转向竞争机制，真正按照科学家的专业水平及课题意义来进行竞争和选择，使优势课题和优秀人才得以脱颖而出。具体来说，其一，国务院设立精干的科技总参谋部，抓宏观，计长远，抓大放小，组织协调，加速我国的科技发展。其二，各地区、行业的科学技术发展主要由各地区各领域的专家来做。其三，把自然科学基金一分为二，大部分给地方，以调动和发挥地方的积极性。其四，除国防外的课题遴选，由专家委员会审定。中央与地方专家名单应向相关科技界公示，接受社会监督。
3、创新科学和技术管理模式
应根据科学和技术各自的特点和规律，建立新的管理模式和机制。
将应用技术类研究机构与相关的大中型企业(央企或民企)结成“生死对”，把他们的命运联系在一起，省去新技术中介、推广和转移的繁杂过程。
构建民间科技管理体系和机制，成立民间科学技术组织，把民间研究者和科技积极分子组织起来，为其搭建创新平台。
4、改进和完善科学技术评价体系
对科学成果的评价应以其是否具有独创性和社会价值为主要依据。而对于“非共识”项目和探索性强的项目建议弱化评价，等条件成熟再进行评价；对技术成果的评价，要强调市场价值，以解决目前大量存在的技术成果泡沫化、垃圾化的问题。
对科学技术活动开展评价是社会民主化的要求，是政府实现预算和管理透明的必然趋势，客观上促进了对科学技术在社会和经济发展中重要作用的认同。因此有必要从多个角度、多个方面对技术进行评价，确定该技术的投入、产出以及对社会、环境、伦理道德等方面的各种有利和不利影响，并进行权衡，确定其价值与风险，从而进行政策分析，为政府及决策部门提供正确的决策参考。
5、制定抑制科技活动不端行为的统一规范
科学家是科技活动的主体，科学家进行科学研究，就要为它的后果承担责任。科学家的社会责任关系到整个社会的道德取向和道德规范，全社会必须关注科技伦理和科学家群体的社会责任问题，在面对种种新的技术成果的同时，不能忽略其自身涉及的种种现实及潜在的危险，必须正确地利用科技成果为人类造福，维护人类的健康和正确的发展道路，最大限度地避免由于科技成果的使用不当而给社会带来的负面影响。中国社会科学院，在这方面应能发挥重要作用，因为社会科学首先是研究宏观的、是教育人的，也必然涵盖对科学家的教育。
6、制定《民间创新促进法》或《民间创新保护法》
我国宪法第47条规定：“中华人民共和国公民有进行科学研究、艺术创作和其他文化活动的自由。国家对于从事教育、科学、技术、文学、艺术和其他文化事业的公民的有益于人民的创造性工作，给以鼓励和帮助。”因此民间创新是宪法赋予公民的一项基本权力。但是，由于种种原因，这项权力没有得到有关部门应有的重视和社会的尊重，相当多的民间研究者开展科学技术创新活动是非常艰难的，不仅得不到支持，研究的成果得也不到公正的评价，甚至是讥讽和遏制，由此对自己的遭遇不满，造成态度的偏激，这对构建社会主义和谐社会是不利的。胡锦涛总书记指出：“构建社会主义和谐社会，必须是最广泛、最充分地调动一切积极因素，形成尊重创造、保护创造的良好社会氛围。”“支持人们进行理论创新、制度创新和其他方面的创新，使我国经济社会发展始终充满蓬勃的创造活力。”因此，制定《民间创新促进法》或《民间创新保护法》，给民间创新活动一个良好的法制环境和支撑条件，是提升全民科技素养、促进全民创新活动的需要，是提高自主创新能力、建设创新型国家的需要，是发展市场经济、构建和谐社会的需要，是解放生产力、实现中华民族伟大复兴的需要。
总之，在我国科技事业发展中，当务之急是要改革现行科技体制，建立一个政府主导、官民结合、优势互补、和谐共进的高效、透明、鼓励自由探索、实行公平竞争的科学技术创新体制。只有提供一个全民参与、自主创新、公平竞争、自由评论的宽松环境，才能逐步造就中国科学技术的辉煌。