据作者戴蒙德教授（Jared Diamond）介绍，写《枪炮、病菌与钢铁》这部书的契机是他的一个新几内亚朋友耶利（Yali）提的问题：“为什么你们白人开发出那么多的货物并带到新几内亚，而我们黑人几乎一无所有？”这里的“货物”泛指一切现代生活物资，如铁斧头、火柴、医药、衣物、软饮料和雨伞之类。而按人类学标准，在二百多年前欧洲人到来时，新几内亚仍然处于“石器时代”，非常原始落后，只有寥寥可数的石头做的工具和器械。戴蒙德教授接着说，他和耶利都很清楚，平均而言，新几内亚人和欧洲人一样聪明；那么，这个天差地别，一定是其他因素造成的。
戴蒙德教授是洛杉矶大学的地理学以及生理学教授。《枪炮、病菌与钢铁》于一九九七年发表后即风行全国，旋即获得普利策奖和Phi Beta Kappa奖，并成为很多大学专业和公司上层的必读书，影响巨大。他本人也因此书荣获国家科学奖章。
那么戴蒙德是怎样回答耶利的问题的？简单而言，他放长眼光，跳过有书写记录的人类历史，从几万年前说起。因为他发现，居住在不同大陆的不同民族的未来，其实从一开始就因为各自所在大陆的地理和生态特点的截然不同而“命中注定”了，跟他们的智力或天分毫无关系。
最关键的事件发生在上一次冰川期结束时的一万三千年以前。复杂文明社会的产生和发展，包括先进的技术以及中央集权的政治结构等等，跟农业社会的形成是分不开的。在此以前，人的生存完全依赖于原始的生态环境，靠采摘果实和射猎动物果腹。为了找到足够的食物，人群需要不断地迁移。这种无定居的游牧生活，极大地限制了财富和知识的积累。农业的出现和发展才使得“余粮”成为可能，导致人口飞速增长；飞速增长的人口又促使新技术的发明、劳动的分工和专业化（商人、士兵、艺术家、政府官员等等），以及复杂的社会结构的形成（比如国家和帝国），变为大势所趋。换句话说，农业是现代文明的源头。
但是农业的出现，实质上完全仰仗于自然生态环境中可以培植的植物和可供驯化的动物的存在。作者分析了各大陆原住居民的历史，确信他们都有培育植物和驯化动物的能力和行为，但仔细研究各个大陆的野生动植物就会发现，并不是所有的动植物都可以被人类培植或驯化，也并不是所有的动植物都能够提供足够的供人类繁衍所需的营养！把这些条件应用到各个大陆人类社会，古代农业最早出现在西亚的所谓“新月沃地”（Fertile Crescent）就不足为奇了。“新月沃地”包括从尼罗河向东北延伸到底格里斯河，向东南伸展至波斯湾，那里有人类培植和驯养的动植物的最早记录：粮食（大麦、小麦），亚麻为棉，家畜（山羊、绵羊、牛）。他们还从临近地区进口了马和驴作为运输工具。总结起来，欧亚大陆一共驯养了十三种大于一百磅的大型动物，而南美只驯化了一种，其他大陆则根本没有。
谈到驯化的困难，作者借用了托尔斯泰的名言“幸福的婚姻都是一样的，不幸的婚姻各有各的不幸”来解释。幸福的婚姻需要很多要素都同时满足：性吸引及观念一致。而后者包括财经管理、孩子教育、宗教以及对方家庭的看法等等，不一而足……一个因素不满足的婚姻，往往就不能够维持幸福。野生动物的驯化也是如此。食肉动物需要太多的食物喂养不划算；大象长得太慢也不成；豹子圈养起来就不能生儿育女；熊太凶猛很难驯化；斑马看着跟马很相似，挺有希望，却喜欢咬人，而且咬住就不松口，甚至用绳索套住一匹斑马也是难乎其难的事！羚羊一受惊吓就乱撞；独居动物不可能圈在一起……这么三下五除二，能够驯养成功的动物数目就少得可怜了！事实上只有欧亚大陆得天独厚。
换一个角度看问题，人类社会大大小小的创造发明，比如农业的出现、文字的出现，并非总是从无到有，“重新发明轮胎”；更多的情形是引进，模仿，再改进。因此，新技术出现后的迅速传播，还受制于地理环境的方便与否以及有没有天然屏障的阻碍。欧亚大陆幅员辽阔，而且东西纵长，气候条件大致类似，这既提供了繁多的野生动植物作为培植和驯养的原材料，也方便不同的人群往来，交流新思想新技术。相对而言，美洲大陆南北延伸，气候差异巨大，就不利于在一个气候带里成功培植出来的植物或动物被带到另一个气候带存活繁衍。其间，最大的赢家是欧洲，从公元前到公元后的两千年间，地中海地区从中东引进了那里的动物、植物和农业技术，还有字母文字，整个欧洲很快跟进。农业迅速发展，人口密度增加，使得技术分工，社会复杂化；后者再进一步促进经济发展和技术进步。这些优势最终使得欧洲人率先有了“枪”和“钢铁”，得以征服其他大陆。
农业发展和稠密的人畜共处也会产生新问题，比如微生物（“病菌”）导致的传染病的出现和传播。只不过，魔高一尺，道高一丈，病菌传染致病和与之接触的人群的免疫机能对病菌的抵抗是“红皇后赛跑”的经典实例。在《爱丽丝镜中奇遇记》中，爱丽丝（小卒过河变皇后）跟红皇后一起当棋子，奇怪的是，她俩拼命地往前跑，却始终待在同一个棋格子里：
“咳，在我们的国家里，”爱丽丝说，仍然喘着气，“你一般都能跑到一个别的什么地方去—如果你跑得很快又跑那么久的话，像咱俩这样。”
“像一个慢人国嘛！”皇后说。“嘿，在这儿，你看，你得竭尽全力跑，才能在同一个地方待住。如果还想去别的地方的话，你起码得把速度加倍！”
这也是病菌和人的免疫机能共同进化的实质，一个敌对的而又相互赖以生存的核竞赛。当“跑得很快”的欧洲人来到新大陆时，他们随身携带的“病菌”，无意之中甚至成了比“枪”和“钢铁”更有力的武器。土著人完全没有相应的免疫机能可以对抗之，也没有足够的知识和手段能够及时阻止其传播。结果一传十，十传百，转眼便是哀鸿遍野，然后万里无人烟。
《枪炮、病菌与钢铁》这本书的大视角长距离，粗线条一般的假设和推理，以及生动的例子，给对人类史不甚了解的普通读者提供了一个全新的思考角度。近代几百年欧洲在全球的军事和文化的任意扩张，确实让人难以抵抗“人种优劣论”。稍微想想，一边是钢枪铁炮，一边只有大刀长矛；一边是层出不穷的文学艺术音乐佳作，一边只有对“高山流水”“二泉映月”的仰止。即双方达到的至高境界难分上下，从数量和花样翻新的角度看，却实在没有可比性。这难道不足以证明人种的优劣吗？“不！”戴蒙德教授是坚定的地理环境决定论者。他用了无数事例，说明各个民族的好奇心和创造性其实是相似的、不相上下的。例如，他接触的那些土著人，都對自己周遭环境的动植物了如指掌，也都有过试图驯化野生动物和种植粮食的努力。最终人算不如天算，最早的各个大陆定居者别无选择，只能因地制宜，找到最适合当地环境的生存办法，所谓“一方水土养一方人”。登陆到澳洲大沙漠的远古亚洲人，就不得不放弃已有的“先进”农业技术，重新拾起长矛射猎为生。
那么，这是否就证明人的智力跟人类发展一丁点关系都没有？按耶利和戴蒙德的观察，平均而言，新几内亚人和欧洲人一样聪明，戴蒙德甚至觉得他的很多新几内亚朋友比白人更聪明。但这就是教授的偏见和个人观察的局限了。放下争论不休的智商问题不提，即使假设当初登陆各大陆的人群智力完全相同，一万三千年不是一个太短暂的时期，无论是对所处的不同地理环境的适应，还是对复杂的社会结构的形成和技术文化的发展—文明的发展—带来的新的生存挑战的适应，今天的人和老祖宗都不可同日而语，一如与病菌长期竞跑中的免疫系统与从未接触过病菌的免疫系统之间的差异，因此他们也必然拥有因应于地理环境和文化环境的具有选择优势的遗传变异的积累。
从可以供人类栽培和驯养的动植物出现，到农业的出现，使得文明的产生变得简单而有序可循，并令人信服。但如此大手笔，自然也会有很多难以回答的问题。比如读者还可以问，这些野生动植物的存在就足够产生现代文明吗？另外，现代文明到底指的是什么？书里描述的现代文明主要指欧洲的“枪炮和钢铁”，但“欧亚大陆”却是囊括在一起描述的。其早期文明至少包括北非、中东、中国和欧洲，而这些文明现在却处在不尽相同的阶段：欧洲的极大优势和中国以及其他地区的相对停滞和落后。这是戴蒙德收到的读者反馈中一个主要的质疑点：为什么是欧洲而不是中国征服全球？退回去一千年，中国的技术文化，至少在很多方面，确实是遥遥领先于世界的。
戴蒙德因此单独写了一章，专门讨论中国问题。中国也是最早农业化的地域，虽然考古记载比新月沃地稍晚，但种种证据表明，是从无到有的五大独立起源之一，甚至可能还有南北两个起源地：北方最早种植小米（millet），南方最早种植大米。跟其他地区一样，农业发展后，人口暴增，隨之而起的是社会结构的复杂化、专业化以及各种各样的创新发明。早在公元前五百多年，中国就率先有了铸铁技术。除了常常提到的四大发明，中国人还驯化了野猪，学会了养蚕，并首先发明了苹果嫁接工艺，解决了种植果树的巨大难题。中国对世界的影响，在亚洲各国尤其明显，不仅仅输出了农业技术，还有其独特的文字和文化。中国为什么没有持续领先？戴蒙德教授归咎于大一统对创新的阻碍。据书里的例子，一四三二年（？）新登基的明皇帝明文禁止建造航海船只，使得在其父亲执政时已经领先世界的航海技术（郑和下西洋）功亏一篑。相对而言，欧洲一直是群雄争锋，彼此既有合作也有竞争，因此更适合技术文化的革新。但这些观点、事例恰恰说明文化制度对文明发展的重要性，已然偏离了地理环境决定论。
这是该书论点的一大局限，地理环境决定文明的产生和雏形，似乎无可置疑；但文明发展的过程，也是人类慢慢打破地理环境制衡的过程，到如今，即使在自然环境最严酷的澳洲，也已经遍布现代化的城市和农村，新移民无需被迫抛弃已经积累的文明成果，“回归自然”。事实上，现代人的生存环境很大程度上已经变成了人造环境，而造就人类文明的地理环境，却相应地变得脆弱不堪，甚至面目全非，需要人类的关注和维护。这是一种新的“共生”关系。或许我们不应该再漫无目的地“拼命往前跑”，而是应该慢下来，好好保护现在居住的这个棋格子，也是咱们唯一的棋格子：地球。
《枪炮、病菌与钢铁》的可读性很强。许多小故事都描述得很生动，并发人深省。关于日本人起源的那章，书中提出现代日本人其实是韩国人的后代，并从旁观者的角度调侃两国兄弟“相煎何太急”。技术的发明和流行，原来并非总是最佳的胜出；很多时候偶然因素，甚至错误因素也会起到决定性的作用：打字键盘至今遵循QWERTY字母排序就是一个典型的例子。读到关于病菌的描述，正是本人偶染肺炎卧床的日子。自身免疫系统没能够抵抗住细菌的侵入，却有医生开的抗菌素法宝。谈笑间，病菌和人的免疫机能共同进化的核竞赛，已经变成了病菌和抗菌素代表的现代医学之间的核竞赛。地理决定论离我们越来越远了。这是好事，还是坏事？我想不清楚；但对本病人来说，当然是好事，不然，哪里有机会翻这本闲书。