在基层不能检查INR的情况下，医生应该为患者详细讲解INR检测对于病情控制和药物剂量调整的重要性，劝诫患者定期到上级医院复查，不要因为主观因素而影响治疗的效果，导致病情复发危及生命
肺栓塞（PE）治疗目标为清除和溶解肺血管床内的血栓，改善肺血液动力学状态，防止新血栓形成，防止血栓进一步扩大。近年来PE的治疗研究进展甚快，治疗也更趋规范化。
一般支持治疗
确诊为PE或高度怀疑为PE的患者应立即密切监测各项生命体征。为防止栓子再次脱落，应要求患者绝对卧床。对于胸痛患者可予以止痛治疗，对伴有惊恐和焦虑症状的患者可给予镇静剂，保持大便通畅，避免用力，同时应用抗生素控制下肢血栓性静脉炎和预防PE并发感染。
有低氧血症者采用鼻导管或面罩吸氧。当合并呼吸衰竭时，使用经鼻面罩无创性机械通气或经气管插管行机械通气。确诊以后尽可能避免应用其他有创的检查手段，以免在抗凝或溶栓治疗过程中出现局部大出血。
出现右心功能不全、心排血量下降。血压尚正常者可给予具有肺血管扩张作用和正性肌力作用的药物，如多巴酚丁胺和多巴胺。
出现低血压者可增大剂量或使用其他血管加压药物。另有临床研究显示，在血压正常及心脏指数低的急性PE患者进行适当扩容可增加心脏指数，但不推荐强力扩容冲击疗法，因为过大的液体负荷可能会加重右心室扩张进而影响心排血量。目前，内皮素受体拮抗剂及磷酸二酯酶-5抑制剂在PE治疗中的研究备受关注。
抗凝治疗
PE患者应即刻进行抗凝治疗，疑似PE患者在确诊前即应进行抗凝治疗
目前，临床上应用的抗凝药物主要有普通肝素、低分子肝素及华法林。PE患者需要即刻进行抗凝治疗。且考虑到未治疗患者的高死亡率，应该对疑似PE患者在确诊前即行抗凝治疗。
初始抗凝应使用肠道外抗凝剂，随后可口服维生素K拮抗剂进行后续抗凝，不管是普通肝素、低分子肝素，还是磺达肝葵钠都应该持续抗凝治疗≥5天。维生素K拮抗剂应尽早给予，最好和初始抗凝治疗同时进行，并在连续监测2次国际标准化比率（INR）维持在2.0～3.0以后，可停用肠道外抗凝剂。使用华法林抗凝时，初始剂量为5mg或7.5mg，而不应该更高。维持剂量应根据INR值来调整，其目标值为2.5（介于2.0～3.0）。
根据患者具体情况选择肝素种类对于有高度出血风险或有严重肾衰竭的PE患者，推荐开始抗凝药物使用普通肝素，并保持活化部分凝血酶时间测定在正常值的1.5～2.5倍。
对于大多数急性PE患者，普通肝素已被皮下注射低分子肝素所取代。低分子肝素根据体重确定剂量，应用方便，无需监测。但是对于血液动力学不稳定的高危PE患者不推荐使用低分子肝素，因为对此类患者其抗凝治疗的有效性及安全性未经证实。由于存在肝素诱导的血小板减少症的风险，因此在使用普通肝素或低分子肝素治疗时需要监测血小板计数。
抗凝治疗的持续时间因人而异一般采用口服华法林，疗程至少为3～6个月。首发PE，危险因素短期可以消除，如服用雌激素或临时限制活动的患者，疗程为3个月；对于栓子来源不明的首次特发性PE患者，疗程需6～12个月；癌症患者疗程3—6个月；抗磷脂抗体阳性或具有>2个血栓形成倾向者，需12个月甚至长期抗凝；PE复发者也应长期抗凝。接受无限期抗凝的患者，应定期评价继续治疗带来的风险，获益。
溶栓治疗
溶栓治疗可以迅速溶解血栓和恢复肺组织再灌注，逆转右心衰竭，有效改善血液动力学参数。出现症状后的48小时之内，进行溶栓治疗的患者可获得最大收益，但对于已有症状6～14天的患者溶栓治疗仍然有效。
溶栓治疗需要根据病情选择性使用溶栓治疗是心源性休克、持续性低血压的高危PE患者的一线治疗方案。而对于非高危患者不推荐常规进行溶栓治疗，对特定的中危患者应全面考虑出血风险增加的情况后使用，低危患者不应该使用溶栓疗法。
溶栓治疗禁忌证不绝对。应评估风险和获益后使用溶栓治疗会显著增加出血风险，在衡量溶栓治疗的可能获益与所致出血风险时，切记高、中、低危PE患者的评估很重要。对于即刻有生命危险的高危PE患者，3周内有手术史或1个月内有活动性胃肠道出血等溶栓禁忌证都是相对的。
其他的有创手术包括肺动脉栓子清除术、经皮导管取栓或碎栓术、腔静脉滤器植入术。