菇類热量低，因富含粗纤维，可提供饱足感，也有助排便，因此经常出现在料理中。但是对于菇类如何清洗，坊间却流传不同的说法。有些厨师认为，菇很容易吸水，不建议下水洗涤，否则影响口感，最好用刷子或纸巾擦拭就好，但对于家庭主妇来说，却担心“不洗不会脏吗？”会有农药残留等疑虑。
来源不明清洗再煮较安心
民间的确有“菇类不用清洗”的说法，但建议食用时还是要清洗，而清洗方式需依菇类种植方式来决定，如果可以确定购买的菇类是有机菇类，那么就用流水稍微冲洗，将可能残留在表面的灰尘脏污冲洗掉就可以了。
由于一般民众到市场买菇类时，没有办法确定菇类种植的方式，而且菇类在采收到包装贩售的过程中，是完全没有经过清洗的步骤，因碰水后就容易氧化，不易保存，会开始腐败、变质。所以菇类烹煮前，最好还是要清洗，可以把菇类放入加了盐的水中浸泡5～6分钟，把残留在菇类表面的泥土、灰尘去除，捞出后挤干水分即可烹调，食用起来也比较安心。
松茸高价菇别洗保留原味
有些高价的菇类，建议不要泡水清洗，如松茸、香槟菌等，因菇类的确容易吸水，吸入过多的水分会影响口感，这些高价的菇类就比较适合用刷子或纸巾擦拭，把菌杆上的泥土等去除就行，保留最原始、浓郁的香气，有些厨师甚至完全不清洗，就怕味道流失。
由于菇类用水清洗后就开始变得湿软，因此若不马上烹调，就要避免让菇类碰水，如果已经清洗好，最好一天内要吃掉，否则容易腐烂。而在选购菇类时，若发现菇体看起来软软烂烂的，或是有渗水、变色的情况，就代表不太新鲜，不要购买。
纤维较粗的菇手撕烹调
菇类易熟，烹调时间不需要很长，而不同种类的菇，具有独特的香味及咀嚼感，适合的烹调方式也不同，目前市面上常见的菇类包括香菇、金针菇、秀珍菇、杏鲍菇、鸿喜菇、美白菇等。
菇类如同牛肉一样，纤维纹理是有方向的，顺着纤维或逆方向切，口感也会不同。在烹调方式上，杏鲍菇与袖珍菇纤维较粗，就适合用手撕，顺着纤维纹理撕下来可以保留长纤维，入口较有嚼劲。
搭蔬菜清炒能吃出菇类鲜味
金针菇适合凉拌，将金针菇烫熟后，可淋上酱油、自制的和风酱等，清爽的口味，加上清脆的口感，非常适合夏天食用。鸿喜菇及美白菇等条状的菇类可选择清炒，现代人注重养生，口味比较清淡，可以搭配山药、蔬菜清炒，不需要加酱油，加一点盐调味即可，更能吃出菇类的鲜味。
在菇类放在水中浸泡清洗时，可以利用这几分钟先处理其他食材，将蔬菜切好，放在一旁备用，捞起菇类挤干水分，就可以马上开始料理。
另外，蔬菜也没有一定要搭配哪些比较好，但建议用红椒、青椒等几种不同颜色的蔬菜，做出来的料理看起来色、香、味俱全。
火锅吃鲜菇汆烫就可起锅
至于经常被用来煮鸡汤的香菇，用新鲜香菇或晒干的干燥菇都可以，一般民众喜欢用香味更浓的干燥菇。若是用干燥菇，在烹调前，同样也是先泡水清洗后，再放置清水中浸泡一整晚，或至少4～5小时，香菇泡软后，可选择去蒂或不去蒂，接下来就可跟其他食材一起放入锅中炖煮。
像金针菇、鸿喜菇等菇类，都很容易煮熟，若拿来煮汤或当火锅食材，只需要在汤里涮一下就可起锅，比较能保留菇类香气及口感。