近年来，禽流感、新型甲型（H1N1）流感、猪链球菌病、非典型肺炎、牛羊猪的布氏杆菌病、“疯牛病”等的爆发流行给公共卫生和人民健康带来极大的危害，如何结合流行病学和发病机理开展人兽共患病的防控研究成为关乎国计民生的重中之重。对此山东农业大学柴同杰教授在动物医学领域潜心研究三十多年，为防治人兽共患病及其流行性疫病做出了诸多贡献。
前记：留学期间的深厚积累
德国是医学和医疗技术最先进的国家之一，其中医学微生物学、免疫学理论和技术奠基人之一科赫（Robert Koch）就来自德国。也是由于这个原因，1990年8月，柴同杰从北京坐上开往欧洲的国际列车，开始了8年的德国留学之路。期间，他用半年的时间通过了德语水平考试（PNDS=DSH），然后进入专业学习；经过德国学位管理部门对他的前期成绩评估，又补习了一些兽医学课程，柴同杰顺利地取得了硕博连读条件，分别在霍肯海姆和柏林自由大学以教授助手（官员2级，半位）的身份进行博士论文的课题研究。1998年7月答辩圆满结束，他获得了动物医学博士学位，同年作为学校直接从欧洲引进的高层次人才回到母校，从事教学科研工作。
期间柴同杰还系统地学习了微生物学、免疫学与传染病学理论，掌握了先进的研究技术与方法，并将其传授给他的学生。回国后他把许多先进的理论和技术写进他主编和参编的10部教材和著作中，填补了一些空白，丰富了我国在该领域的理论知识。
善为学，必系苍生而济之
回国后多年来，针对如禽流感、新型甲型2009（H1N1）流感（猪流感）、猪链球菌病、非典型肺炎、牛羊猪的布氏杆菌病、“疯牛病”等的爆发流行给公共卫生和人民健康的危害，柴同杰联合德国科赫医学研究院、柏林自由大学、霍肯海姆大学等，主持成立了“山东省中德动物疫源人兽共患传染病合作研究中心”，借助德国先进的医学、医疗资源，开展人兽共患病防控的研究，并取得了很大的成就。共同主持国际合作项目9项，发表论文26篇。
在兽医公共卫生领域，柴同杰教授在畜禽养殖对社区公共卫生的风险评估、人兽共患病的爆发流行的监测、以及流行病学调查等方面也做出了突出成就。通过运用基因组学溯源理论和技术，对牧场邻近社区的环境、动物舍环境及动物体的病原微生物的监测，他揭示了起源于动物体的一些微生物包括病原体能够形成气溶胶并能够向牧场周边环境或社区环境传播扩散，对居民健康形成威胁；在此基础上，柴同杰教授领导的科研团队建立了病原微生物气溶胶的发生、传播及传染模型，验证了一些病原体包括禽流感病毒、2009（H1N1）新甲流、PRRSV、NDV等的气源性传染机制；建立了病原微生物的实时在线监测技术，申请和获得发明专利20余项。此方面发表SCI论文40余篇；获得山东省自然科学奖、技术发明奖等5项。
在领域内的研究中，柴同杰教授及科研团队既有系统性又有跳跃性。近年来，他带领团队系统开展了养殖环境、医院环境以及职场环境的需氧菌总数及其指示菌、厌氧菌总数及其指示菌、革兰氏阴性菌及内毒素、真菌及其毒素、重要病毒气溶胶的发生、传播及感染机制研究。为了认识禽流感、新甲流等病毒的跨种传播、水平传播及致病性，柴同杰教授采用反向遗传技术等分子病毒学的技术，评估了流感等病毒的突变趋势、水平传染能力以及病毒的人际间传播能力。这项工作对于防控动物源性人兽共患病的危害和保护公众健康意义深刻。
善育人，必精于业而授之
教学方面，《动物微生物学》、《兽医免疫学》及其分支学科是柴同杰教授给本科生、博士、硕士研究生开设的主要课程，也是他的主要研究领域。这两门课程是研究和认识与其相关的细菌、病毒、真菌等的生物学特性、分类、检测、鉴定、致病机理以及感染的免疫应答的科学，为从根本上认识动物传染病及其防控奠定基础。
柴同杰也意识到，学术视野决定了一个科学工作者的生存和发展，我国的科技创新能力仍较弱，需要长期的努力。只有紧紧盯住国际上的学科发展、研究动向才能赶上国际先进水平，实现国际领先。为此，他建立了与德国柏林自由大学动物卫生环境健康研究所、德国霍肯海姆大学环境&动物卫生研究所、美国路易斯安那州立大学病理科学系的长期的合作关系，目前执行着3项政府间的国际合作项目。在中德两国政府的科技合作框架下，分别于2008、2009、2011、2012年选派6名博士生作为访问学者到德国柏林自由大学、霍肯海姆大学合作研究，使后备学者得到良好的培训。
此外，针对近年来流行频繁的动物源性人兽共患病，他认识到，汲取德国科学家对传染病的研究经验，加强国际合作探索传染病的流行机制和防治技术是快捷的途径。因此，柴同杰主持成立的“山东省中德动物疫源人兽共患传染病合作研究中心”为进一步合作提供了更大的平台。
善居下，必汇百川而纳之
柴同杰谈到，学术的基本属性是开放、交流与合作，闭关自守是影响科学发展的天敌。建立联合攻关团队能够从不同的角度或领域入手研究，能够取得更大的成就和发现，促进共同进步和快速发展。因此，他领导团队建立了与解放军军事医学科学院军事兽医研究所、清华大学国家环境保护环境微生物利用与安全控制重点实验室的合作关系，目前执行2项国家科技支撑和开放基金等合作项目，这也使团队的科研能力得到了很大的提升。
在目前新兴热点研究领域动物福利（Animal Welfare）方面，柴同杰也有自己的一番看法。“动物福利”一词是在英国首先提出的概念，其含义是要求人们人性化的对待动物。就农场动物而言，是指畜禽的生计和基本的生存需要。动物福利事业在欧美国家在立法、宣传和教育等处于领先地位。动物福利不仅涉及畜牧业的长期可持续发展、食品安全和公共卫生问题，还反映了社会文明进步的程度。
柴同杰谈到，动物福利并不是一句超前的口号或不切合实际的要求。OIE、WHO、FAO（2008）联合调查发现，高致病禽流感等传染病的爆发流行与目前的养殖方式有直接关系。非常密集地、工业化模式的畜禽饲养忽略了活体动物生理的和行为的需要，诸多的应激因素导致了动物的免疫抵抗力下降，易感性升高，传染病流行加快加重，导致的问题是多方面的，如畜牧业可持续发展、经济收益、公共卫生、食品安全等。牧场动物与其生存环境生态的依赖关系，环境的不同的应激因素对动物体的作用机制，及其引致的免疫抑制和抵抗力的降低等需要深入的探讨。对此他正在呼吁和动议同行专家和管理部门重视畜禽的健康养殖和动物福利事业的发展，进行立项研究。柴同杰主编的全国高等农林院校规划教材《动物福利及保护》，该书也是全国唯一的一本关于动物福利的教科书；并且在他的主持和号召下，2010年在山东省成立了全国第一个动物福利专业研究学会“山东畜禽健康养殖与福利学学会”。