在节目中，柴静为所有观众讲解了在过去的一年中，她所“看见”的一切在雾霾中生活一天，一个白色的采样仪变为黑色，从中检测出来15种致癌物质；
随环保部门在中国大气污染严重地区以无人机巡航，深入非法排污工厂，揭开鲜为人知的“褐煤”对污染的巨大影响。她还深夜来到北京的延庆，调查柴油车排放不达标并大面积造假现状；
回故乡寻找十年前山西污染节目当事人，探寻能源结构背后工业化城镇化之路，抨击体制问题带来的严重危害，拜访中国能源领域权威人士，探索未来能源体制改革方向，提出告别煤炭时代进入油气时代 片中的专家、机构观点和数据是否有说服力，受到了更大的挑战 以天然气和新能源取代燃煤燃油根本就是不可能的事情，秀良心有用吗一是中国的能源结构决定的（煤储量巨大），二是因为燃煤燃油只要适当集中处理，应用合适的技术，污染并不严重，这也是我为什么认为北京的所谓雾霾十年二十年之内不难解决的原因。憎恶大工业是中国环保主义的最大误区，事实上以大工业取代小工业才是实现环境友好的唯一途径。中石油中石化加起来大约占全国成品油市场的70，剩下是各种地方炼油和民营炼油企业。中石化与地方炼油企业、民营炼油企比，那个污染大，哪个品质好开车遇到两个加油站，一个是中石油加油站一个是杂牌加油站，放心去哪个 资深环境报道记者李靖云表示我国的油气储量和可开采储量是两回事，大量的点状分布，开采非常困难，成本很高。过去搞过石油大进军，到处搞油田，结果是什么可以去查纪录。至少前些年川渝中小型油气井出的那一系列悲惨事故足够触目惊心了。如果遍地开花式开发，污染会呈什么样水平 一位不具名网友说错误太多，说几条一眼扫到的1、引用陈竺的数据未必就权威，上海的阚海东和环科院王金南应该有相关数据，你们谁拿到了；
2、在吸烟率这么高的现实中，肺癌数据没啥意义，充其量也就是有一定的相关性，而且，拜托你们分清楚发病率和死亡率；
如何解决雾霾指望开发天然气和减少汽车可行吗大目标作者任冲昊表示，“还是修核电站靠谱，北京都有核电站，我们大热河省先来俩。” 重阳金融研究院贾晋京研究员的看法独树一帜如果是要蓝天的话，柴静还没有涉及雾霾的核心问题。雾霾的最重要的成分其实是水蒸气。是水蒸气导致几百种各类成分结合成气溶胶，成为观感很差的雾霾。要减少雾霾，关键是减少水蒸气。要减少水蒸气，只有减少水的使用以及人口量。要是为了健康，那确实要按柴静说的减少汽车尾气、工业污染排放。但是这里有个问题这不会减少雾霾。再概括一下减少水蒸气会带来蓝天，美国之所以有蓝天就是这个原因。但这并没有减轻环境中的可吸入颗粒物，只是水溶胶少了罢了。减少工业排放，会有利于健康，但不会减少雾霾，不会带来蓝天。
看完这些批评，我觉得真是强中自有强中手，感觉穹顶之下也确实只是一部个人的纪录片，虽然尽力做到数据翔实，但还是有诸多不严谨。但是这样的纪录片毕竟给很多人带来希望和热情。西坡就表示同样作为媒体人，我很敬佩柴静，同时感到一丝惭愧。暗下决心向柴静学习多做扎实工作。
呼吁了公民责任 要呼吁公民责任，却只挑相对而言最容易最高姿态的打电话报警投诉排放超标，轻轻说句少开点儿车，对于最实际但也是最困难最不讨好的公共政策选择却不置一辞，这些选择包括提高入城费，提高限行天数甚至单双号限行，控制大排量汽车，继续严格的摇号限号政策等。这些都会引起相当多城市中产的埋怨。看来对雾霾的恨还是没有超过对成为中产阶级知性女神的爱。而当谈到能源结构的调整与转型，就完全不顾中国的历史、地理和实际状况，忙不迭在完全没有数据没有论据的情况下把所有罪过都扣到所谓的国家能源垄断头上，为能源的私有化摇旗呐喊，为资本瓜分能源市场鼓噪，至于私人资本的进入如何就能迅速转变中国的能源结构，如何可能不计成本在中国各地探查天然气并在全国建设稳定安全的输气网络，柴静抒情之余估计没有气力去论述、论证和论辨了。
中戏教师“树上的男爵”也批评了柴静纪录片的中产阶级保守心理 说到空气污染，北京人动不动就骂河北，说河北的钢铁厂水泥厂是北京雾霾的罪魁祸首。春节期间包括北京人民在内的大都市中产阶级开车自驾到大理，把小小大理堵了个水泄不通，春节期间PM2.5指数飙升。如果关闭了河北的钢铁厂水泥厂，河北人民就会下岗失业，而北京人少开点车，顶多就是生活不太方便而已。我想说的是治理空气污染，那些充分享受着现代生活便利的大都市中产阶级理应承担更大的责任。一边控诉着空气污染，说不许烧煤不许搞水泥厂钢铁厂，但却丝毫不提自己高能耗的生活方式，那是自私自利的表现，只想着别人为自己牺牲而自己压根没打算负责任。环境污染毫无疑问应该治理，但治理方式不应该是去砸那些正在发展道路上苦苦经营的欠达地区人民的饭碗，相反，应该充分反思并有效约束中产阶级们美其名曰“追求高品质生活”的消费主义价值观和生活方式。
西坡也担心环保的代价由谁承担 雾霾并不是这两年的新生事物，只是这两年才引起注意罢了。而最关注雾霾的，显然并不是农民、富士康员工乃至环卫工大爷，而是城市中产、文艺青年、富豪老板（钢厂老板等除外）。后者是这个时代民间最有话语权的，他们脱离温饱阶段，不管有没有户口都已将双脚迈进了城市大门，但他们也只是为自己代言。制造雾霾的“落后产能”及附着其上的人群，在舆论场并没有属于自己的话筒。不说话不代表他们不存在。但没有话语权就意味着他们有可能以“为时代让步”的名义被牺牲掉。
无论如何，柴静唤起了新一轮关注环保的热情。
如何正确关注环境问题。
长期关注环境问题的记者李靖云说 这是个政策问题，我最担心就是政治化，那是立场问题。既然在中国就得面对中国的环境治理。我不关心纪录片是否有利于建立民主自由或者有利于党国改善治理。中国目前社会抗议增长最快的就是环境问题，据中国环境科学会的数据，从1996年开始年增长29。所以那句“唤醒民众”实际多余。第一，准确的数据。柴静的纪录片最大的意义估计是介绍了马军老师长期的环境第三方监控数据，没有数据一切都是空谈。第二，能源政策和格局明晰化，中国的能源过去现在未来都必须靠煤，公众必须要了解这一基本事实，问题可以简化为如何对燃煤做环境处理。第三，减少污染源所必需的代价，这点必须讲清楚。限制大城市人口，发展中小城镇必然增加碳排放和污染。反对垃圾集中处理，反对核电，反PX实际在鼓励污染。数据指示基本状态，确定你需要付出的代价。不要总是反问过去，历史也不是阶段性和重复性的，而是现实性的。其实看看我们现在做的能源环境报道比如南方能源观察和财经无所不能，就知道柴静基本才入行。
南京大学周雷博士比较全面地阐述了他认为应当怎样研究污染问题 柴静是很良善的记者，但是她用调查数据、归因和解析来重新阐述常识，并将其系统化，造成一种相信和感同身受效果。所以她的调查和崔永元自费调查，因为受制于知识观和认知模式，都无法进行真正认知意义的突破和突围。虽然，崔永元更是一个有人格魅力的人。提到煤的污染，她说到洗煤，却没有深究洗煤水的可能后果；
提到能耗和油耗，她分析行业内幕和总量，却没有分析这些能耗的生成细节，哪些人主导了哪些消费并实现了何种污染扩散中国的污染与世界经济的关联中国现有污染机制的原因，它是学来的还是内生的在没有弄清楚问题是什么为什么会出现这个问题之前，她在海外的调查几乎全是盲人摸象式数据。她提到伦敦的几百万污染行业工人转型，伦敦现有的环保模式，但却没有意识到整个西方，甚至整个人类都在外包和异化自己的认知。当那些污染行业从自身国家逐步淘汰，大气开始朗清，似乎就觉得问题解决了。柴静采访了一些老北京，说到儿时的记忆，似乎存在一个曾经有效和环保的北京style。这种逻辑和认知模式错得非常离谱。研究污染，从来应该多线并进，但不是用小分队调查的方式，而是能寻找到症候的发生机制。
然而，对于批评的反批评也已经出现。
李华芳在微博发表文章认为批评柴静的学者那是因为“轴”和“酸”，学界游戏规则是占据知识山头，媒体游戏规则是靠故事煽动情感。你搞学术影响力人家搞媒体影响力彼此彼此啊。但重要的是，搞政治运动的人要学习柴静的动员能力，不然怎么煽动革命至于普通人那就是搭便车的，“革命”不需要你们。
环球时报肯定会认为李华芳这是一厢情愿把柴静当作“革命”工具。虽然今天没有发表文章，但环球时报官方微博连续发声“请那些不认同柴静的人，先好好看完那个纪录片。里面的干货很多，而且都来自于环保部门的专家和官员，给人感觉跟像是中国环保部门的一次集体控诉。那些纠结于柴静本人的人，你们应该看得更广一些，更高一些。”“其实如果大家看了这个片子，就会发现这个片子的主角并不是柴静，而是那些在我国各地，感到各种无力感的环保局的干部们。柴静只是一个记录者，她记录下的是环保立法和执法的种种无奈。如果看这个片子的最后，是去对柴静品头论足，那么你恐怕并没有看懂这个片子到底在说什么。” 崔永元显然比环球时报悲观，他对澎湃新闻表示穹顶之下唯一的作用就是启蒙，但对于国家雾霾治理可以忽略不计。你可以推断一下，假如柴静拍了一个深入浅出的纪录片，让所有人都明白了雾霾的原因是什么，从而导致雾霾被彻底治理，那你说我们要那些部门干嘛用啊 被各方猜测的“环保部门”官员在哪里环保部新部长陈吉宁今日下午表示，自己昨天晚上完整看完了柴静的关于雾霾的纪录片，今天给她发了短信打电话，向她表示感谢。陈吉宁说，柴静的纪录片从公众健康的角度唤醒公众的环保意识，值得敬佩。看来，环保议题已经从环保人士那里接棒到了部长手中，成为官方治理的应有之义。
要看得更广一些，更高一些。对柴静纪录片比较持中的看法来自春秋战略研究院研究员，复旦大学陈平教授这样的纪录片推动形成公民环保意识可帮助环保执法。应当鼓励。但同时要让大家理解环保水平只能逐步改善，否则导致去工业化，造成严重就业危机和社会问题。
最后看完这部纪录片，我认为以后的人类是与环境共存亡的，我们当下该思考如何把环境与人类活动紧密的联系在一起，产业的发展应当和环境的保护一起思考一同进行，在国民的意识中不应存在是先发展，破坏了之后再来保护再来拯救，应当是不破坏可持续的发展。我们要敬畏自然。假如一个人先预防了疾病就没有得病和得病之后靠药物的维持治疗是两个结果，前者多么幸福后者是费时费力费财这是不是所谓的“机会成本”。对环境的担忧和保护不止柴静一个，我们该在这个发展的时代这个转变的世纪为人类的明天做出选择。