国务院机构改革方案将铁道部职能一分为三：一部分企业职能剥离出来，成立中国铁路总公司；一部分属于综合性管理职能和综合交通运输体系有关的部分职能，包括铁路规划、政策、法规等，划给交通运输部；一部分安全生产监管的职能，由新设立的国家铁路局（副部级机构）管理，国家铁路局由交通运输部管理。
目前，中国铁路总公司已经挂牌，国家铁路局正在筹建。64年来中国铁路政企合一的体制终于分开了，应该讲这一次改革在中国铁路史上具有里程碑的意义。虽然这个方案没有什么新意，但却是最平稳的一个方案。对于这个庞大的“铁路帝国”而言，通过总公司、国家铁路局的过渡性安排，既可以保证铁路大动脉的正常运转，又为今后的改革留下了空间。因此，对于铁路系统而言，政企分开了，但铁路改革的路还很长、很艰难。新的铁路体制面临诸多难题需要破解。
中铁总公司的垄断问题
中国铁路总公司负责国有铁路的经营活动，目前国有铁路货物运输量占全国铁路市场80%的份额，属于绝对垄断的地位。客运方面，由于目前各个高铁客运公司事实上难以独立经营而不得不委托相关铁路局经营，这种格局在今后相当长的一段时间内会一直存在。也就是说，客运业务也仍然由国有铁路垄断。
中国铁路总公司进一步改革的任务还很重，首先是要明晰产权，让新组建的铁路总公司 “脱胎换骨”，成为市场经济中真正的法人主体。政府部门应该采取有效措施，总结以前垄断企业改革中的经验教训，避免铁路总公司再出现垄断公司中存在的问题。目前来看，中国铁路总公司的行业垄断地位没有变。因此，要建立铁路行业市场竞争的新体制，首先要解决铁路行业垄断问题。
破解铁路行业垄断，应与市场竞争、企业重组同时进行。铁路企业重组的过程，是培育铁路行业市场竞争主体的过程，也是建立铁路新体制、新机制的过程。在这个过程中，既要考虑到中国铁路在国民经济中的现实地位，也要考虑到中国铁路的未来发展方向。所有这一切，都是建立在对中国铁路现实的基础上所应作出的正确决策。
如何正确认识和评价中国铁路现实，是一个非常复杂的问题，需要下大力气研究论证。对于铁路而言，要形成真正的市场竞争格局还缺乏必要的条件。没有一个企业能够与中国铁路总公司竞争，也没有一个企业能与中国铁路总公司下属的任何铁路企业构成竞争。中国铁路总公司的垄断地位是客观存在的基本事实。
因此，国家一方面应通过严格的监管程序设计，防止中国铁路总公司利用自身的垄断地位侵害其他铁路运输企业和消费者的合法权益；另一方面，也要加大对中国铁路总公司的深化改革力度，通过对其内部铁路企业的重组与结构调整，形成能自主经营、自我发展、自负盈亏的独立新铁路运输企业集群，在内部形成相互间的协作与竞争态势，逐步过渡到行业内外的市场竞争。当中国铁路总公司内部铁路企业集群适应了市场化竞争后，中国铁路总公司作为特殊时期的过渡性安排将完成历史使命，而全新的铁路运输市场主体格局将为中国铁路未来的发展提供活力和动力。
为了防范中国铁路总公司滥用权力，国家相关部门应当制定相应的法规和规章，对中国铁路总公司的法律地位、经营责任、权利义务、与其他铁路运输企业的关系等基本问题作出规范，防范其利用垄断地位搞不正当竞争，损害其他铁路运输企业的合法权益。
统一调度与公司利益角色冲突
根据方案，铁路总公司负责铁路的统一调度，也就是说全国所有铁路的运输生产活动都要由总公司来决定，包括所有与国铁接轨的地方铁路、合资铁路在内，都要服从于中国铁路总公司的统一调度指挥。
我们都清楚，铁路运输调度实际是对运力资源的调度，理论上（设计上）的运输能力必须通过调度活动才能转化为现实的运力，而现实的运力才能完成人与物的位移。铁路运输企业获得的现实运力资源越多，其经济效益越好。而中国铁路总公司既是经营实体，又是调度主体，在发生运力利益冲突时，不可避免地会倾向于中国铁路总公司自身，从而给其他铁路运输企业造成不公平。因此，对中国铁路总公司的统一调度行为的法律规制尤为重要。否则，那些中小铁路运输企业将无法生存。
铁路运输的统一调度，是铁路运输生产管理体制的核心。运力是铁路运输企业从事运输生产的手段，作为独立的市场主体，应当享有充分的自主权。我们认为，统一调度作为铁路运输生产管理体制，是由铁路的特点所决定的。特别是在运力资源相对紧张的状况下，统一调度更为必要。
一是满足铁路客货流运动的需要。由于铁路客货流是在全国铁路间流动的，一个运输企业往往很难做到使旅客或者货物发生由甲地至乙地的位移，因此，需要各运输企业的配合和协助。铁路车辆是在全国铁路网上运行的。这就需要通过统一调度，以实现运输效力的最优化。因此，统一调度不仅是运输生产技术上的要求，也是运输生产过程的要求，同时也是铁路适应市场经济发展的要求。
二是提高铁路运输企业运输效率的需要。各运输企业的客货源不均衡性是铁路运输的另一个基本特点。有的地区货流比较大，有的地区客流比较大，有的运输企业可能缺少运输车辆，而有的运输企业又可能富余车辆。因此，要发挥运输企业的运输效率，也需要有一个统一调度的问题。在全国铁路间进行统一调度，可以使有限的运力资源得到充分利用，大大提高运输企业运输效率。
三是统一调度有利于维护铁路运输生产秩序。在中国，铁路运输依然是交通运输的主要方式。要保证大联动机制的畅通，也需要有一个统一的部门进行协调、组织全国铁路的运输工作。